《中国文化辞典》对“疑冢”的解释：“古人生前结下冤仇之家，担心死后会被人掘尸毁墓，故常作假坟数座，称疑冢。” 在南京，流传着“十三个城门同时出棺材”的传说。说是朱元璋葬礼那一天，大开南京13个城门，同样的仪仗，同样的棺材，同时抬出城外，谁也不知道朱元璋遗体到底在哪一口棺材里面，更不知道这13口棺材最后抬到哪儿下葬了。
据说如此布疑阵，是遵朱元璋的遗嘱，因为他自知杀戮太重，生怕仇人报复，破坏他的陵寝，于是向魏武帝曹操学习。三国时，曹操是个盗墓专业户，为了补充军饷设立“发邱中郎将”、“摸金校尉”，将前代陵墓扫荡殆尽。为了提防敌人“以其人之道还治其人之身”，曹操布下72座疑冢，让人难辨真假。曹操疑冢的缺点是——只要有人不怕苦不怕累，一路挖下去，总能找到正确答案。正如宋人诗云：“掘尽疑冢七十二，必有一冢葬君尸”
但朱元璋做得比曹操更绝，13个城门外根本不设疑冢，而且，明孝陵就摆在那儿，却提前声明这是疑冢。这样反而让人怀疑，13口棺材不过是障眼法，最不可能的答案明孝陵，也许正是标准答案呢。
晚清文人甘熙认为，朱元璋葬在孝陵有正史记载，他绝不会效仿曹操布疑冢，况且建文帝天性仁孝，又怎么忍心把太祖遗骸置于荒渺之地？近代来，又有一种意见，朱元璋葬在朝天宫，而不是明孝陵。对于上述争论，专家倒是回答的很干脆：既然不能依赖文献说话，不妨通过考古发掘，用骨头说话，验明正身，排除异说。